蜂蜜的加工过滤是一个比较基础的加工步骤，单效蒸发器和分离器内停留的时间短，可有效地防止蜂蜜中芳香物质的挥发损失，酶值降低，抗菌能力下降。投入使用后优点明显效果显著，不仅加工量大，节约能源且自动化程度高，而且对蜂蜜的风味影响较小，加工后的蜂蜜质量也有明显提高。
加工前先粗滤再精滤，通过加热或稀释降低其黏度提高滤速，同时又要保证其热敏成分达到最大变化的极限，加热时需要经常搅拌，使蜂蜜整体受热比较均匀逐步融化，防止糊化产生胶状结块；多道过滤蜂蜜，以除去杂质和少量较大颗粒晶体。应尽量在密封装置中采用机械加压过滤，以缩短加热时间，减轻风味和营养的损失，现在很多蜂蜜加工厂家都是这样加工蜂蜜的。
由于蜂蜜的浓度较高，十分枯稠，所起泡沫既小又难破碎，物料浓度越高，情况就会越严重，所以分离器除有防沫帽外，在进料口处又加入挡沫板，可有效地进一步来防止分离器内蜂蜜出现起沫情况。实践中还发现，蒸发器的进料温度低时，进入分离器的蜂蜜起沫特别严重，控制比较困难，而且无法进行正常加工。当温度升高到合适的程度时，加工会非常顺利，起沫现象也很少发生。所以蜂蜜在进入蒸发器前要加热到一定温度。
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